- Администрация
- Отдел № 2 — Отдел эпидемиологии и фитосанитарии болезней зерновых культур
- Отдел № 3 — Отдел гербологии
- Отдел № 5 — Отдел микологии и иммунитета
- Отдел № 7- Отдел молекулярной биологии
- Лаборатория диагностики фитопатогенных организмов
- Отдел № 8 — Аспирантура
- Отдел № 9 — Отдел болезней картофеля и овощных культур
- Лаборатория бактериальных болезней растений
- Отдел № 10 — Отдел резистентологии
- Лаборатория акарологии и энтомологии
- Лаборатория с/х экологии микроорганизмов
- Лаборатория биологически активных веществ
- Лаборатория болезней многолетних, декоративных и садовых культур
- Лаборатория патофитофизиологии
- Отдел № 12 — Отдел экологии
- Лаборатория методов гигиенического анализа с/х продукции
- Лаборатория химии окружающей среды
- Группа биофизики
- Отдел № 13 — Отдел научной информации и международного сотрудничества
- Отдел №14 — Отдел патологии декоративных и садовых культур
- Лаборатория № 32 — Лаборатория направленного органического синтеза химических соединений иммуномодулирующего и биоцидного действия
- «Государственная коллекция фитопатогенных микроорганизмов» Госколлекция
- Коллекция декоративных и лекарственных растений — КДЛР
- Отдел полевых испытаний
- Лаборатория искусственного климата